《风中的女王 第二季》故事讲述刚刚登上国王和王后宝座的Francis和Mary面临一种前所未有的棘手情况：黑死病瘟疫正在欧洲大陆快速蔓延，法国宫廷内外都陷入混乱。不仅人民的生命受到威胁，Francis和Mary的统治也难以得到稳固。更糟的是，当Mary下令关闭城门封锁城堡的时候，Francis正身处...城门之外。他试图带Lola一起安全返回城堡。一些令人畏惧的新面孔出现在法国宫廷内，他们全都对权力垂涎三尺，Mary和Catherine感到了巨大的压力。与此同时，Kenna和Bash分开了，Kenna面临生命危险。Greer被迫看着Leith和一个新情人卿卿我我，然而让她感到震惊的是，他正和她未婚夫的女儿纠缠不清......
玛丽托人送往苏格兰的密函被劫走，这使得康德和玛丽深感不安。凯瑟琳怀疑玛丽和康德有私情，弗朗西斯得知后极力掩饰此事。利思希望与格瑞尔成婚，但格瑞尔却不愿公开背弃身在狱中的丈夫。玛丽得知伊丽莎白欲和康德联姻后十分伤心，她准备结束和康德的恋情。玛丽将英格兰使者逮捕，可谁知康德却将使者偷偷释放。纳西斯将玛丽…
安托万向肯纳求婚，肯纳左右摇摆不定。弗朗西斯与玛丽的隔阂越来越深，玛丽秘密与康德约会，两人准备前去苏格兰居住。纳西斯将外甥女艾美丽介绍给了弗朗西斯，弗朗西斯耐不住寂寞与其发生了关系，而此时玛丽正和康德睡在一起。格瑞尔帮妓女介绍生意，利思经过反复的徘徊决定找回旧爱。弗朗西斯在洛拉的建议下决定放玛丽自由…
伊丽莎白在苏格兰与玛丽针锋相对，如果玛丽不生下子嗣王位很有可能落入伊丽莎白的手中。玛丽的母亲指责洛拉勾引弗朗西斯，她不希望洛拉再卷入玛丽与弗朗西斯的婚姻。洛拉喝下玛丽母亲的酒有点神志不清，玛丽得知母亲得了重病。安托万与肯纳牵手跳舞被拜什看到，拜什怒责妻子不守妇道。玛丽希望康德能和自己回苏格兰，与此同…
